El 22 de febrero del 2005, el Poder Ejecutivo Nacional, por Decreto Número 145/2005, transfirió -orgánica y funcionalmente- la Policía Aeronáutica Nacional desde el ámbito del Ministerio de Defensa a la órbita del Ministerio del Interior, creándola como Policía de Seguridad Aeroportuaria, al tiempo que la incorporó al Sistema de Seguridad Interior.

En la actualidad, el Organismo se encuentre en la órbita del Ministerio de Justicia, Seguridad y Derechos Humanos de la Nación.

El citado Decreto, también contempló la intervención civil de la nueva institución policial, con el objetivo de reestructurarla y normalizarla.

El 31 de mayo de 2006, el Poder Legislativo, por unanimidad, sancionó la Ley 26.102  de Seguridad Aeroportuaria, concibiéndola como un aspecto específico y sensible de la seguridad pública. En este sentido, la norma creó una institución policial especializada en materia de seguridad aeroportuaria, al tiempo que impuso al Estado Nacional, el  deber de resguardarla y garantizarla a través de instituciones públicas y organismos de carácter policial, de seguridad, regulación y supervisión con competencia en la materia. 

Los Decretos 785/08 -que aprobó la estructura orgánica y funcional del Organismo-, 836/08 -que enmarca el Régimen profesional del Personal Policial de la PSA;  y por último el 1190/09 -del Régimen profesional del personal Civil-,  reglamentaron la Ley 26.102 de Seguridad Aeroportuaria, culminando el proceso de Intervención y normalizando la Institución.

El control policial de la PSA es externo, es decir que no depende de la institución, sino que se encuentra a cargo de la Dirección de "Control Policial", dependiente de la Secretaría de Seguridad Interior.

La misma fue creada por el Decreto N° 707/08 y está compuesta por la Auditoría de Asuntos Internos, el Tribunal de Disciplina Policial y la Defensoría del Policía de Seguridad Aeroportuaria.